Les Ruches Infestées sont des cibles spéciales des missions Sabotage. Elles peuvent être trouvées dans les vaisseaux infestés et ont été introduites lors de l'Update 13.8.0 avec l'événement Opération Breeding Grounds. Elles apparaissent comme de large bio-masses grises sur le sol avec une large masse lisse et orange en leur centre.
L'objectif de la mission est de détruire les trois Ruches. Elles sont invulnérables à toutes les attaques grâce à la présence de Tumeurs Infestées, qui ressemblent aux Ruches mais sont plus petites et apparaissent sur les murs et les plafonds. Cinq Tumeurs sont présentes par Ruche et doivent être éliminées avant d'attaquer la ruche. La destruction d'une ruche déclenche des changements dans l'environnement de la mission, qui devient alors plus difficile.
Variantes[]
Il existe six variantes de Ruche Infestés qui peuvent apparaître, mais seulement trois ruches peuvent apparaître dans une mission, et certaines variantes de la ruche peuvent apparaître plus souvent que d'autres. Une variante particulière ne peut apparaître qu'une seule fois par mission, même si l'une des six variantes peuvent apparaître en combinaison. Chaque variante peut être identifiée par une caractéristique physique ou une aura unique.
Stabilisation[]
Identifiée par la présence de petites perles de lumière, la Ruche de stabilization réduit la gravité de la mission de moitié lorsqu'elle est détruite. Ceci est similaire à la condition Faible Gravité en Mode Nightmare.
Sécurité[]
Identifiable par les vagues d'aura autour d'elle, le Ruche de Sécurité est responsable de l'activation des tourelles de défenses du vaisseaux. Une fois éliminée, les tourelles de sécurité sont activées et tirent sur tous les 
Tennos détectés.
Laser[]
Ces Ruches sont identifiables grâce aux six lasers qui convergent vers elle, en formant un cône. Une fois détruites, les pièges lasers éparpillés sur toute la carte s'activent, émettant continuellement un laser rouge infligeant des dégâts de type 
Électrique à quiconque les traverse, y compris les ennemis. Ces lasers ne peuvent pas être détruits, au moins une douzaine peuvent apparaître dans une seule salle.
Gaz[]
Plus rare que les autres Ruches, la Ruche de Gaz est reconnaissable au nuage de gaz orange qui l'entoure. Lorsqu'elle est détruite, des nuages oranges apparaissent à différents endroits de la carte, infligeant des dégâts de type 
Gaz aux Tennos qui passent à travers, avec une forte chance de status et réduit temporairement le maximum de vie par deux.
Gelée[]
Couverte de givre bleu, la Ruche Gelée gèle toute la carte lors de sa destruction, réduisant de moitié le maximum de bouclier de tous les Tennos. Il est identique à l'effet de fuite cryogénique, mais la carte ne sera pas couverte de givre ou de glace pour refléter cela.
Impulsion[]
La Ruche à Impulsions émet des impulsions de radiation visibbles. Lorsqu'elle est détruite, des sphères oranges translucides apparaissent à différents lieu de la carte. Traverser ces sphères provoque instantanément des dégâts de status de type 
Magnétique, réduisant le bouclier et diminuant l'énergie du Tenno.